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咖啡豆和可可豆的成分区别主要在于其化学组成和用途，咖啡豆主要含有咖啡因，用于制作咖啡，提供咖啡特有的香气和味道；而可可豆则含有可可脂和可可固体的成分，用于烘焙、制作巧克力等食品。
咖啡豆是从咖啡树的果实中提取的，主要成分是咖啡因，这是一种能够刺激中枢神经系统的兴奋剂，咖啡豆还含有多种有机酸、油脂、糖类等化学成分，这些成分在烘焙过程中会形成咖啡特有的香气和味道，咖啡豆主要用于制作咖啡饮料。
可可豆则是从可可树的果实中提取的，含有多种成分，包括脂肪（主要是可可脂）、蛋白质、纤维以及丰富的生物碱和抗氧化剂，可可脂是可可豆的主要成分之一，具有浓郁的香气和独特的口感，可可豆还含有一种叫做可可固体的成分，这种物质是巧克力制作的关键原料之一，可可豆主要用于烘焙、制作巧克力等食品。
至于咖啡豆和可可豆是否属于近亲关系，它们在植物学上属于不同的种类，咖啡豆来源于咖啡树，属于茜草科的一种；而可可豆来源于可可树，属于梧桐科的一种，虽然它们都是植物果实提取的食材，但在植物分类上并不属于近亲关系。
咖啡豆和可可豆的成分及其在植物分类上的归属都有所不同，它们虽然都是重要的食材，但用途和特性不同。